漳州市交通运输局是主管全市公路和水路交通运输行业的市政府组成部门，主要有两个方面职能：一是交通基础设施建设方面，主要是指导全市高速公路、普通公路（含国省道、农村公路、桥梁、市级重点项目等）、运输站场等的规划、建设和管理。二是交通运输行业管理方面，主要是承担全市道路、水路运输市场监管责任，依法负责全市交通基础设施工程质量的监督管理，指导、协调、监督全市交通行政执法工作。按照省政府港口一体化改革方案，全市沿海港口航道和内河航道规划建设行业管理自2010年起划转至厦门港口管理局，不再属于我局职能范围。市交通发展集团及其下属企业作为市级国有控股集团，于2015年底划归市国资委管理。